Halduskohus saab anda loa sõnumite saladuse õigusse sekkumiseks vaid siis, kui julgeolekuasutus esitab tõendeid (“piisavad andmed“), et isik on seotud ettevalmistatava või toimepandava kuriteoga (JAS § 25 lg 2). Jälitustoimingut kriminaalmenetluses võib eeluurimiskohtunik lubada üksnes siis, kui tõendite kogumine muude menetlustoimingutega ei ole võimalik, ei ole õigel ajal võimalik või on oluliselt raskendatud või kui see võib kahjustada kriminaalmenetluse huve (nn ultima ratio põhimõte, vt nt RKKKm 24.05.2016, 3-1-1-43-16, p 9). Võrreldes varem kehtinud seadusega on jälitustoimingute, sh sõnumite saladuse riive lubatavuse eeldusi laiendatud tingimuse “kui see võib kahjustada kriminaalmenetluse huve“ võrra (KrMS § 1261 lg 2). On äärmiselt kaheldav, kas selline laia tõlgendamist võimaldav lisaalus sõnumi saladuse riiveks on kooskõlas proportsionaalsuse põhimõttega (§ 11). Kuriteo tõkestamiseks saab KrMS alusel andmete kogumine sõnumite saladust riivates olla lubatud vaid siis, kui teabe saamine muude toimingutega ei ole võimalik, ei ole õigel ajal võimalik või on oluliselt raskendatud. Sel juhul ei toimu toimingu tegemise ajal kriminaalmenetlust ning kriminaalmenetluse eeldamine oleks juba iseenesest kuriteo tõkestamise kui toimingu eesmärgiga vastuolus. Kohtulik kontroll jälitustoimingute üle kohtueelses menetluses piirdub siiski üldjuhul loa andmise ja pikendamisega. Kriminaalmenetluses on kohtul kohustus kontrollida jälitustoimingu seaduslikkust menetlusosaliste taotlusel, aga samuti omal algatusel, kui ilmnevad tõendi seaduslikkust puudutavad kahtlused või ebaselgused (RKKKo 23.02.2009, 3-1-1-81-08, p-d 13.1 ja 13.3; 11.04.2013, 3-1-2-1-13, p 11.2; vt ka 05.12.2008, 3-1-1-63-08, p 13.3; 01.07.2011, 3-1-1-10-11, p 19; 30.06.2014, 3-1-1-14-14, p 772; 06.04.2015, 3-1-1-3-15, p 10; RKKKm 16.06.2015, 3-1-1-48-15; 16.06.2016, 3-1-1-42-15). Ebaseadusliku jälitustoiminguga tekitatud kahju hüvitamise näeb ette 1. mail 2015 jõustunud SKHS (riigivastutuse eriregulatsioon), sh on sõnumi saladuse rikkumine aluseks mittevaralise kahju hüvitamisele (SKHS § 11 lg-d 2 ja 3; vt ka RKKKm 13.06.2016, 3-1-1-34-16, p-d 24‒25). Kuigi väärteomenetluses on keelatud tõendite kogumine jälitustoiminguga, on kriminaalmenetluses vastaval viisil saadud tõendi kasutamine väärteomenetluses võimalik, kui samas asjas on kriminaalmenetlus lõpetatud (nt ei leia tõendamist mõni raskendav asjaolu või kuritegu muudetakse väärteoks). Ka sellisel juhul peab kohus asja sisulisel arutamisel kontrollima nt sõnumite saladust riivava jälitustoimingu seaduslikkust (RKKKo 15.06.2016, 3-1-1-53-16). Omaette probleemid seonduvad kohtu pädevusega anda luba arvutisüsteemi kaudu andmete kogumiseks, mis reaalselt asuvad väljaspool Eesti territooriumi. Euroopa Nõukogu arvutikuritegevusevastase konventsiooni art 32 järgi võib riik teise riigi loata saada oma territooriumil paikneva arvutisüsteemi kaudu teises konventsiooniosalises riigis asuvaid salvestatud arvutiandmeid, kui ta saab selleks seadusliku ja vabatahtliku nõusoleku isikult, kellel on seaduslik volitus avalikustada andmeid nimetatud arvutisüsteemi kaudu. Esiteks ei ole üheselt selge, kas seadusliku volitusega isikuna on käsitatav riigisisese seaduse alusel tegutsev kohtunik. Teiseks on tehnoloogiline areng (nt pilvetehnoloogia) tõstatanud uusi probleeme jurisdiktsiooni määratlemisel.