Minister korraldab ministeeriumi valitsemisalasse kuuluvaid küsimusi. Minister on nii ministeeriumi kui selle valitsemisala juht. Praktikas on ministri pädevus valitsemisala juhtimisel reguleeritud ulatuslikult seadustega. Nendeks on VVS ja teised valitsemisala tugitegevusi (nt RES, ATS, RVS) või põhitegevusi reguleerivad seadused (nt PGS üldhariduse valdkonnas). RES järgi kinnitab minister ministeeriumi valitsemisala arengukava ja programmid. VVS kohaselt määrab minister ministeeriumi valitsemisalas olevate riigiasutuste struktuuri, asjaajamise ja töökorralduse, kinnitab ministeeriumi valitsemisalas olevate valitsusasutuste teenistuskohtade koosseisu, nimetab ametisse ja vabastab ametist ministeeriumi valitsemisalas olevate riigiasutuste juhid, kinnitab ministeeriumi valitsemisalas olevate riigiasutuste eelarved ja kontrollib nende täitmist ning valvab ministeeriumi valitsemisalas olevate riigiasutuste ülesannete täitmise üle. VVS sätestab ministri üldpädevuse otsustada kõik ministeeriumi valitsemisalasse kuuluvad küsimused, kui nende otsustamine ei ole seaduse või valitsuse määrusega pandud alluvatele ametiasutustele või ametnikele. Viimasel juhul annab VVS ministrile õiguse sekkuda teenistusliku järelevalve korras, kuid ka see õigus võib olla seadusega piiratud. Näiteks VVS järgi ei laiene teenistusliku järelevalve kord riikliku järelevalve toimingutele ning riikliku sunni kohaldamisel antud otsustele. Samuti tunnustavad seadused mõne valitsusasutuse sõltumatust (näiteks TÕAS Patendiameti sõltumatust), mida peab teenistusliku järelevalve teostamisel arvestama. Minister peab oma otsustamisõiguse teostamisel arvestama ka valitsuse õigusega suunata ja koordineerida valitsusasutuste tegevust (§ 87 p 2) ning peaministri õigust juhtida valitsuse tegevust (§ 93 lg 1). VVR kohaselt tuleb ministril esitada valitsusele arutamiseks ja otsustamiseks olulise tähtsusega sise- või välispoliitilised küsimused. Samuti võib peaminister nõuda ministrilt tema pädevusse kuuluvate küsimuste esitamist valitsusele arutamiseks. Seaduse, valitsuse ja peaministri poolt piiramata osas on ministril oma valitsemisala juhtimisel kõik juhile omased õigused. Näiteks on ministril muu hulgas õigus määrata, kes milliseid küsimusi on tema juhitava ministeeriumi valitsemisalas õigustatud ja kohustatud otsustama, anda valitsemisala riigiasutustele juhiseid ja korraldusi, teostada nende suhtes teenistuslikku järelevalvet ning vajadusel otsustamisõigus üle võtta. Erinevalt VVS-s reguleeritud teenistuslikust järelevalvest, mis on reaktiivse iseloomuga ja keskendub üksikjuhtumitele, võivad ministri juhised ja korraldused olla preventiivsed ja üldised. Minister vastutab peaministri, valitsuse ja Riigikogu ees oma valitsemisalas toimuva eest ning tal peavad olema piisavad võimalused sekkumiseks. Arvestades valitsuse seaduste algatamise õigust vastutab minister ka selle eest, et olemasolevad seadused annavad talle piisavalt tegutsemisvõimalusi oma vastutuse kandmiseks.