ID puhul tuleb silmas pidada, et süüdistatava kasuks ei tule tõlgendada mitte igasugust tema süüdioleku suhtes tekkivat kahtlust, vaid üksnes kõrvaldamata kahtlust (kahtlust, mida ei õnnestu kriminaalmenetluslike vahenditega kõrvaldada). Riigikohtu kriminaalkolleegiumi praktika selles küsimuses on mitmekesine. ID põhimõte võib tingida näiteks süüdistatava õigeksmõistmise olukorras, kus ei õnnestu kindlaks teha, millise süüdistuses kirjeldatud teoga süüdistatav kuriteo toime pani. Isik tuleb mõista õigeks juhul, kui välistada pole võimalik seda, et süüdistatav rikkus õigushüve teoga, mille osas on jõustunud õigeksmõistev kohtuotsus (RKKKo 13.01.2014, 3-1-1-130-13, p 8).Teisal rõhutas Riigikohus (RKKKo 07.05.2009, 3-1-1-15-09), et süüteomenetluse raames peavad süüteo faktilised asjaolud olema tuvastatud tõsikindlalt, mitte aga hüpoteetiliselt. Kui aja jooksul on muutunud sündmuskoha olustik ning ei ole võimalik läbi viia sündmuskoha vaatlust, mistõttu ei suudeta kõrvaldada kahtlusi, et isik pani tahtlikult toime puude ebaseadusliku raie, tuleb neid kahtlusi käsitada süüdistatava kasuks tõlgendatavate kõrvaldamata kahtlustena KrMS § 7 lg 3 mõttes (3-1-1-15-09). Mõistes isiku õigeks kanepi ebaseaduslikus kasvatamises, möönis Riigikohus näiteks, et on võimalik, et kanepitaim sisaldas tetrahüdrokannabinooli vähem kui 0, 2%. Kuna aga kanepitaime tetrahüdrokannabinooli sisaldust ei olnud kriminaalasja menetlemisel tuvastatud ja kuna kriminaalasja materjalidest nähtuvalt ei ole kanepitaime enam kriminaalasjale lisatud asitõendite hulgas, siis puudus võimalus selle asjaolu tuvastamiseks. Esile tõusnud kõrvaldamata kahtlus tuli kooskõlas KrMS § 7 lg-ga 3 tõlgendada süüdistatava kasuks (RKKKo 31.08.2005, 3-1-1-73-05). Riigikohus on analüüsinud ID kontekstis ka tõenäosuslikus vormis antud DNA-eksperdi arvamust, rõhutades, et DNA-eksperdi arvamus ilma tõenäosuse määrata ei kinnita süüdistuse väiteid ega lükka neid ka ümber. Olukorras, kus võrdsel määral on võimalikud kaks vastupidist versiooni, on kohtu jaoks tegemist KrMS § 7 lg 3 mõttes kahtlusega, mis tuleb juhul, kui selle kõrvaldamiseks ei astuta täiendavaid tõendamisalaseid samme, tõlgendada süüdistatava kasuks. Täiendavate tõendamisalaste sammudena (nt täiendav ekspertiis) on sellisel juhul käsitatavad DNA-ekspertide tõepära suhet määravad arvutused, millest nähtub, mitu korda on üks hüpotees teisest tõepärasem ja millised võimaldavad kõnealuse kahtluse kõrvaldada (RKKKo 17.11.2014, 3-1-1-29-14, p 12). Riigikohus on nentinud ka, et juhul, mil tapmine pannakse toime ruumis, kus peale tapetu viibisid surma põhjustamise hetkel veel vaid kaks inimest, kellest kummagi süü kohta pole kriminaalmenetluse käigus õnnestunud koguda ümberlükkamatuid otseseid tõendeid, ei ole võimalik aset leidnud kuriteosündmuse asjaolusid kohtuotsuses rekonstrueerida ilma mõlemat ruumis viibinud isikut võrdselt vaatluse alla võtmata (RKKKo 19.06.2008, 3-1-1-33-08). Otsustamisel, kas teo pani toime süüdistatav, tuleb sellises situatsioonis muu hulgas lähtuda välistamismeetodist – kohtuotsuse põhjendustes peavad kajastuma ka argumendid selle kohta, mille alusel kohus leiab, et tegu ei saanud toime panna teine samas ruumis viibinud isik. Kui ka kaudsete tõendite kogumi tervikhinnangu tulemina pole õnnestunud kõrvaldada kahtlusi süüdistatava süüs, tuleb pöörduda in dubio pro reo põhimõtte poole; kahtluste püsimajäämise tõenäosus on suurem siis, kui tõendite kogum hõlmab eranditult vaid kaudseid tõendeid (vt ka RKKKo 07.05.2007, 3-1-1-12-07; 11.05.2012, 3-1-1-24-12, p 8).