Seadustega on Riigikohtule antud järgmine pädevus:
1) välislepingu PS-le vastavuse kontroll (PSJVS § 2 lg 1 p 2). See kontroll võib toimuda nii abstraktse kui konkreetse normikontrolli ning nii eel- kui järelkontrolli vormis. VSS eristab välislepingut ja ametkondlikku välislepingut (§ 3 lg 1 p-d 2 ja 3). Osa välislepingute jõustumine eeldab nende ratifitseerimist Riigikogus (PS § 121). Välisleping jõustatakse allakirjutamisega, lepingukirjaga või mõnel muul lepingus ettenähtud viisil (VSS § 21). Välislepingu jõustamise protsess koosneb seega mitmest etapist. Kuna PSJVS annab õiguskantslerile õiguse algatada välislepingu põhiseadusele vastavuse kontroll pärast sellele allakirjutamist (§ 6 lg 1 p 4), siis ei pea õiguskantsler ootama ratifitseerimisseaduse vastuvõtmist Riigikogus ega seaduse väljakuulutamist ega samuti lepingukirja üleandmist juhtudel, kui välisleping ei vaja ratifitseerimist Riigikogus. Välislepingu eelkontrolli algatamise õiguse annab seadus õiguskantslerile. Ka Vabariigi President võib taotleda Riigikogus ratifitseerimisele kuuluva välislepingu eelkontrolli, kuid välislepingu jõustumise protsessi hilisemas staadiumis, pärast ratifitseerimisseaduse vastuvõtmist Riigikogus. Kohus saab algatada menetluse üksnes jõustunud välislepingu suhtes. Põhiseaduslikkuse järelevalvele allub ka ametkondlik välisleping;
2) õigustloova akti andmata jätmise PS-le vastavuse kontroll (PSJVS § 2 lg 1). PSJVS § 9 lg 1 kohaselt võib sellise kontrolli algatada konkreetset kohtuasja lahendav kohus. Erakondade rahastamise kohtuasjas oli vaidlusaluseks küsimuseks, kas ka õiguskantsler on pädev algatama taolist kontrolli. Riigikohtu üldkogu möönis otsuses, et seadused sätestavad sõnaselgelt õiguskantsleri pädevuse vaidlustada olemasoleva regulatsiooni kooskõla PS-ga, kuid lähevad vaikides mööda õiguskantsleri õigusest vaidlustada akti vastuvõtnud organi tegevusetust. Lõppjäreldusena selgitas Riigikohus, et kehtivas õiguses puudub alus, millele tuginevalt õiguskantsler võib põhiseaduslikkuse järelevalve kohtumenetluses vaidlustada sellise olukorra põhiseadusvastasust, mis seisneb selles, et PS-ga nõutav õigustloov akt puudub. Seadus ei anna ka kohaliku omavalitsuse volikogule abstraktse normikontrolli raames pädevust vaidlustada Riigikohtus kohaliku omavalitsuse põhiseaduslike tagatiste teostamiseks nõutava õigustloova akti vastu võtmata jätmist (RKÜKo 21.05.2008, 3-4-1-3-07). Erakondade rahastamise asjas leidis Riigikohtu üldkogu samas, et “(õ)iguskantsleri pädevust määratlevad PSJKS § 6 lg 1 p-d 1, 2 ja 3 ning õiguskantsleri seaduse § 18 lg 1 võimaldavad õiguskantsleril vaidlustada ka õigustloova akti vastu võtnud organi tegevusetust väitega, et olemasolev regulatsioon on põhiseaduse vastane põhjusel, et see ei sisalda põhiseadusega nõutavat. Õiguskantsleri taotlusest nähtuvalt ongi praegu tegemist sellise olukorraga. Erakondade rahastamist kontrollivate riigiorganite pädevus on määratletud normidega, mis on üheaegselt vaadeldavad nii õigust andvatena kui ka keeluna teha kõike, mida norm ei luba.” (RKÜKo 21.05.2008, 3-4-1-3-07);
3) kohaliku omavalitsuse põhiseaduslike tagatistega seotud vaidlus (PSJVS § 7). Riigikohtu selgituse järgi “Põhiseaduslikkuse järelevalve kohtumenetluse seaduse § 7 ei anna kohaliku omavalitsuse volikogule õigust esitada põhiseaduslikkuse järelevalve taotlust isikute subjektiivsete õiguste kaitseks. Ka Riigikogu stenogrammist nähtub, et PSJKS § 7 eesmärgiks ei olnud kohaliku omavalitsuse üksustele üldise kaebeõiguse andmine, vaid neile võimaluse loomine vaidlustada õigustloovaid akte, kui need on vastuolus kohaliku omavalitsuse põhiseaduslike tagatistega.” (RKPJKo 21.02.2003, 3-4-1-2-03). Kohaliku omavalitsuse volikogu võib taotleda seaduse ja Vabariigi Valitsuse või ministri määruse PS-le vastavuse eel- ja järelkontrolli, kui õigusakt on vastuolus kohaliku omavalitsuse põhiseaduslike tagatistega;
4) seisukoha andmine Riigikogule, kuidas tõlgendada PS koostoimes EL õigusega (PSJKS § 2 lg 1 p 21 ja § 71). Tõlgendamistaotluse võib Riigikogu esitada juhul, kui tõlgendamine on otsustava tähtsusega EL liikme kohustuste täitmiseks vajaliku seaduse eelnõu vastuvõtmisel (PSJKS § 71). Tõlgenduse küsimise algatamise õigus on Riigikogu Euroopa Liidu asjade komisjonil ja põhiseaduskomisjonil (RKKTS § 1181 lg 1). Taotluse lubatavuse osas on Riigikohus märkinud, et ta “[...] peab põhjendatuks Riigikogule seisukoha andmist vaid olukorras, kus põhiseaduse sätte või põhimõtte tähendus on selle tõlgendamisel koosmõjus põhiseaduse täiendamise seaduse ja Euroopa Liidu õigusega ebaselge või vaieldav, mistõttu sellega seonduva seaduseelnõu menetlemine Riigikogus on raskendatud.” (RKPJKarv 11.05.2006, 3-4-1-3-06).
23. detsembril 2005 jõustunud seaduse täienduse eesmärk näib olevat soov saada Riigikohtu seisukoht, kas PS sätet on võimalik tõlgendada kooskõlas EL õigusega. Riigikohus läks sellest pädevusest kaugemale, leides et põhiseaduse täiendamise seaduse §-st 2 tulenevalt tuleb PS ja EL õiguse konflikti korral PS säte kohaldamata jätta (RKPJKarv 11.05.2006, 3-4-1-3-06). Taotluses ei saa küsida, kas EL õigust ülevõttev seaduseelnõu on kooskõlas PS-ga;
5) erakonna tegevuse lõpetamine. 2002. aasta PSJKS andis erakonna tegevuse lõpetamise Riigikohtu pädevusse. Erakonna tegevuse sundlõpetamise võimaluse näeb ette PS § 48 lg 3. Selles sättes on keelustatud erakonnad, mille eesmärgid või tegevus:
1) on suunatud Eesti põhiseadusliku korra vägivaldsele muutmisele või
2) on muul viisil vastuolus kriminaalvastutust sätestava seadusega.
Erakonna tegevuse võib EKS § 12 ja MTÜS § 40 järgi lõpetada ka muudel alustel. PSJKS-s sätestatud korras toimub erakonna tegevuse lõpetamine vaid juhul, kui erakonna tegevus või eesmärgid on suunatud põhiseadusliku korra vägivaldsele muutmisele (EKS § 12 lg 2, PSJKS § 32). Taotlust erakonna PSJKS-s ettenähtud korras lõpetamiseks on õigus esitada Vabariigi Valitsusel (§ 32). Seniajani pole Vabariigi Valitsus taotlenud ühegi erakonna sundlõpetamist;
6) Riigikogu liikme volituste lõpetamine. PS näeb Riigikogu liikme volituste lõpetamise Riigikohtu otsusega ette vaid juhul, kui ta on kestvalt võimetu oma ülesandeid täitma (§ 64 lg 2 p 4). PSJKS ja Riigikogu liikme staatuse seadus on laiendanud nii Riigikogu liikme volituste kohtuliku lõpetamise aluseid kui ka Riigikohtu pädevust (PSJKS § 26, RKLS § 10). Riigikogu juhatuse taotlusel võib Riigikohtu otsusega lõpetada Riigikogu liikme volitused, kes ei vasta PS-s või RKVS-s sätestatud nõuetele või kes keeldub ametivannet andmast (vt RKÜKo 06.02.2002, 3-5-0-1-02). Vande andmisest keeldumine on Riigikogu liikme volituste enne tähtaega lõpetamise aluseks (RKÜKo 13.04.2007, 3-4-1-10-07).