Kohtuniku ametist vabastamise juhud on sätestatud KS-s (§ 99). Vabastamine toimub kas kohtuniku enda soovil (KS § 99 lg 1 p 1) või Riigikohtu esimehe või Vabariigi Presidendi algatusel (KS § 99 lg 1 p-d 3–8). Esimese ja teise astme kohtunikud vabastab ametist Vabariigi President Riigikohtu esimehe ettepanekul, Riigikohtu liikmed Riigikogu Riigikohtu esimehe ettepanekul ja Riigikohtu esimehe Riigikogu Vabariigi Presidendi ettepanekul.
Riigikohtu esimehe või Vabariigi Presidendi algatusel võib kohtuniku ametist vabastada järgmistel juhtudel:
1) teenistusvanuse ülemmäära saabumisel, s.o kui kohtunik on saanud 68-aastaseks (KS § 99 lg 1 p 2) või tõstetud teenistusvanuse ülemmäära saabumisel (KS § 991 lg 5). 1937. a PS järgi vabastati riigikohtunik ametist 70. eluaasta täitumisel ja muud kohtunikud 65. eluaasta täitumisel;
2) tervise tõttu, mis takistab tal kohtunikuna töötada (KS § 99 lg 1 p 4). Seadus jätab lahtiseks, kes määrab kindlaks, kas haigus takistab kohtunikuna töötada;
3) kohtu likvideerimise või kohtumaja sulgemise või kohtunike arvu vähendamise korral (KS § 99 lg 1 p 5). Kohtute loetelu ja Riigikohtu kohtunike arv on määratud seadusega, mistõttu kohtu likvideerimine ja Riigikohtu liikmete arvu vähendamine eeldab muudatuse tegemist seaduses. Maa- ja halduskohtu ning ringkonnakohtu kohtunike arvu määramine kuulub justiitsministri pädevusse, kes kohtunike arvu muutmiseks peab saama kohtute haldamise nõukoja nõusoleku. Kohtuniku saab vabastada kohtu likvideerimise, kohtumaja sulgemise või kohtunike arvu vähendamise korral vaid siis, kui kohtunikku ei saa üle viia või kohtunik keeldub mõnda teise kohtusse või kohtumajja üleviimisest.
Kohtute arvu vähendamisega ja kohtuasutuse sisemise struktuuriüksuse kohtumaja loomisega 2005. a (vt § 148 komm-d 1 ja 2) nõrgendati kohtuniku eluaegsust kui kohtuniku sõltumatuse üht olulisemat tagatist. Kohtute arv on ette nähtud seadusega. Kohtumaja sulgemise otsuse on pädev langetama justiitsminister, kes ei vaja selleks seadusandja heakskiitu. Kohtuniku vabastamiseks kohtumaja sulgemise motiivil on jäetud justiitsministrile ulatuslik otsustusruum, mille kooskõla kohtuniku sõltumatuse põhiseadusliku tagatisega on kaheldav;
4) kui kohtunikul pärast Riigikohtu või Justiitsministeeriumi või rahvusvahelise kohtuinstitutsiooni teenistusest lahkumist või pärast naasmist rahvusvaheliselt tsiviilmissioonilt puudub võimalus tagasi pöörduda kohtuniku ametikohale ja ta ei soovi asuda teise kohtusse (KS § 99 lg 1 p 6). Seadus lubab kohtuniku tema soovil ja kohtu esimehe nõusolekul kuni kolmeks aastaks üle viia Riigikohtu või Justiitsministeeriumi teenistusse kohtunikupalga ja muude tagatiste säilitamisega. Teenistuses oleku ajal kohtuniku volitused peatuvad (KS § 58). Kohtuniku valimisel või nimetamisel rahvusvahelise kohtuasutuse kohtunikuks kohtuniku volitused ja teenistussuhe peatuvad ning tal on rahvusvahelise kohtuasutuse teenistusest lahkumisel õigus tagasi pöörduda samasse kohtusse. Kui kohtus ei ole vaba kohtunikukohta ja kohtunik ei soovi asuda teise kohtusse, vabastatakse ta ametist;
5) kohtuniku võib ametist vabastada ka siis, kui kohtunik nimetatakse või valitakse teenistus- või ametikohale, mis ei ole kooskõlas kohtuniku ametikitsendustega (KS § 99 lg 1 p 7). PS keelab kohtunikul olla üheski muus valitavas või nimetatavas ametis peale seaduses ettenähtud juhtude (§ 147 lg 3). Kohtuniku ametikitsendused (vt ka komm 5) on loetletud KS-s (§ 49). Kõik seaduses nimetatud ametikitsenduse eiramise juhud ei anna siiski alust kohtuniku ametist vabastamiseks. Seadus keelab otsesõnu kohtunikul olla Riigikogu, valla- või linnavolikogu liige (KS § 49 lg 2 p 1) ja pankrotihaldur, pankrotitoimkonna liige ning kinnisasja sundvalitseja (KS § 49 lg 2 p 4). PS § 147 lg 3 ja KS § 49 lg 1 sõnastused võimaldavad tõlgendust, et kohtuniku võib ametist vabastada ka tema nimetamisel või valimisel ükskõik millisele ametikohale riigi- või kohaliku omavalitsuse asutuses, samuti erakonna juhtorganisse või muu mittetulundusühingu palgalisele ametikohale. Muude ametikitsenduste (nt erakonna liikmeks astumine, vaidlevate poolte vahekohtunikuks olek) võib kaasa tuua kohtuniku distsiplinaarvastutuse;
6) kohtunik vabastatakse ametist ka siis, kui ilmneb asjaolu, mis seaduse kohaselt välistab isiku kohtunikuks nimetamise. Kohtunikule esitatavad nõuded on sätestatud KS §-s 47 (vt § 150 komm).
Punktides 2–6 nimetatud põhjustel saab kohtunikku ametist vabastada pärast kohtute haldamise nõukoja arvamuse ärakuulamist;
7) kohtunikuameti eluaegsuse põhimõtet kitsendab võimalus vabastada kohtunik ametist vastu tema tahtmist ametisse sobimatuse tõttu (KS § 99 lg 1 p 3). Selline vabastamine saab olla erandlik, sest kohtuniku kutsesobivust tuleb kaaluda enne tema ametisse nimetamist. Ametisse sobimatuse tõttu võib kohtuniku ametist vabastada üksnes kolme aasta jooksul ametisse nimetamisest. Ametisoleku esimesel kolmel aastal esitab kohtu esimees, kelle juhitavas kohtus kohtunik ametis on, kord aastas arvamuse kohtuniku kohta. Kohtuniku ametisse sobimatuse küsimuse võib tõstatada kohtunikueksami komisjon ja distsiplinaarasja algatamise õigusega isik (vt KS § 91). Ametisse sobimatuse otsustab Riigikohtu üldkogu.